Vjerski turizam je jedan od najrazvijenijih oblika turizma u Trebinju. Na teritoriji grada se nalazi veliki broj vjerskih objekata iz različitih vremenskih epoha. Na ovom području kao i širom cijele BiH nalaze se objekti pravoslavne, katoličke i islamske religije.
Posebno velelepno zdanje iz 2000. godine – posvećena je Presvetoj Bogorodici. Po želji pjesnika Jovana Dučića, inače rođenog Trebinjca, koju je iskazao u svom testamentu, sagrađen je hram Presvete Bogorodice na brdu Crkvina iznad Trebinja, u kome je Dučić sahranjen. Osim hrama, koji je vjerna kopija manastira Gračanica na Kosovu i Metohiji – mnogi ga zato i zovu Hercegovačka Gračanica – u sklopu kompleksa su i zvonik, galerija ikona, parohijski dom, amfiteatar, česma, crkvena knjižara, muzej i ljetna bašta. Hram se može vidjeti sa svake tačke u Trebinju i to je najljepša sakralna građevina u cijeloj Hercegovini. Pjesnikova želja je bila da bude sahranjen u Trebinju, tako da su njegovi posmrtni ostaci preneseni iz Amerike u Hercegovačku Gračanicu u oktobru 2000. godine.
Manastir Duži posvećen je Pokrovu Presvete Bogorodice. Nalazi se na lijevoj obali Trebišnjice, 10 kilometara nizvodno od Trebinja. U XVI i XVII vijeku bio je metoh manastira Tvrdoš. Kada je Tvrdoš razoren, mitropolit i monasi prelaze 1695. godine u Duži, obnavljaju i proširuju crkvu i metoh, koji od tada nosi ime po kome je i danas poznat. Do ukidanja Pećke patrijaršije 1776. godine bio je središte hercegovačkog mitropolita. Manastir je više puta stradao – pljačkan je i pustošen. Manastir posjeduje vrijedne rukopisne crkvene knjige, čak i ruska izdanja iz Moskve i Kijeva. U manastiru Duži nalazi se i čestica Časnog krsta.
Selo Mrkonjići nalazi se na istočnoj strani Popovog polja na putu Trebinje – Ljubinje. U ovom selu se 28. decembra 1610. godine rodio sveti otac Vasilije Ostroški, krštenim imenom Stojan, od majke Anastasije i oca Petra Jovanovića. Na praznik Svetog Vasilija Tvrdoškog i Ostroškog Čudotvorca, 12. maja 1998. godine u selu Mrkonjićima u Popovu polju osvećen je hram posvećen Svetom Vasiliju. Hram je podignut na temeljima rodne kuće velikog božjeg ugodnika i nalazi se na desnoj strani puta kada se dolazi iz pravca Trebinja. Na lijevoj strani puta nalazi se hram Sv. Nikolaja u kome je svetitelj kršten. Pored hrama je groblje u kome počiva i Sveta Ana, majka Svetog Vasilija.
Manastir Tvrdoš, 4,5 km udaljen od Trebinja na putu za Mostar, podignut je na temeljima stare crkve. Postoji u kontinuitetu od kasne antike (IV–VI vijek), s tim što je u više navrata rušen i obnavljan. Najviše je stradao 1694. godine u borbama između Mlečana i Turaka. Tom prilikom je sav inventar manastira prenijet u manastir Savina kod Herceg Novog, gdje se i danas čuva.Manastir su početkom XVI vijeka oslikali freskama dubrovački slikari Vicko Lovrov i trebinjski monah Marko Stefanov. U prvoj polovini XVI vijeka manastir Tvrdoš je bio najveći skriptorijum na slovenskom jugu, a istovremeno je bio i kulturno i duhovno središte šireg područja.
Manastir Zavala udaljen je oko 40 kilometara jugozapadno od Trebinja. Prema narodnom predanju, manastir je zadužbina kralja Dragutina. Kada se govori o vremenu njegovog osnivanja često se pominje 1271. godina, koja je upisana na jednom starom manastirskom pečatu. Ovdje je početkom XVII vijeka boravio čuveni živopisac Georgije Mitrofanović. On je prije dolaska u Zavalu živopisao manastir Hilandar na Svetoj gori. U Hercegovini je, osim ovog manastira, oslikao još i manastir Dobrićevo kod Bileće.
Petro-Pavlov manastir smješten je u Petrovom polju, 5 kilometara jugoistočno od Trebinja. Na temeljima crkve, za koju se tvrdi da potiče iz doba Justinijana (VI vijek), podignuta je početkom XX vijeka nova. Arheološki nalazi svjedoče o vrlo starim građevinama, vjerovatno iz doba ranog hrišćanstva, koje su se nalazile na mjestu sadašnjeg manastira. Manastirsku cjelinu čine hram Apostola Petra, podignut 1906. godine na ostacima starijeg hrama, ostaci hrama Apostola Pavla i konak.
Saborna crkva Preobraženja Gospodnjeg građena je od 1888. do 1908. godine. Nalazi se u centru grada. Ikonostas u crkvi Sv. Preobraženja radio je poznati crnogorski umjetnik Marko Gregović, a pomagao mu je Atanasije Popović. Pored crkve izgrađen je eparhijski dom sa bibliotekom. U sastavu hrama djeluje hor Svetog Vasilija Ostroškog i folklorno društvo.
Godine 1984. proslavljena je hiljadugodišnjica postojanja trebinjsko-mrkanske biskupije, čiji prvi spomen nalazimo u buli Benedikta VIII (1012–1024), izdatoj 27. septembra 1022. godine. Tokom svog dugog postojanja biskupija je prolazila kroz razne teškoće čiji su uzroci bili politički i društveni faktori. Godine 1984, 31. maja, mala crkva u čast rođenja Blažene djevice Marije u Trebinju proglašena je katedralom.
Locirana JE u Starom gradu (Kastelu), nedaleko od glavne kapije. Građena je od tesanog kamena i pokrivena četverostrešnjim krovom u imitaciji kupole pod eternitom. Uz desni zid podignuta je kamena munara oktogonalnog oblika, visoka 16. metara. Sagrađena je 1726. god. i vakuf je Osman-paše Resulbegovića. Graditelji su bili dubrovački majstori. U njezinoj gradnji ima elemenata mediteranske arhitekture. Slovi kao najprostranija džamija u Hercegovini. Prije rata bila je kulturni spomenik pod zaštitom države. Osman-paša je kao prateće objekte podigao u blizini džamije još mekdeb i medresu, koji su bili prve prosvjetne ustanove u Trebinju. Za vrijeme poslednjeg rata džamija je srušena. Kamen temeljac za obnavljanje je postavljen 5. maja 2001. god. Džamija je svečano otvorena 15. jula 2005. god. Današnja džamija je autentična onoj koja je srušena i po dimenzijama i materijalima koji su korišteni u gradnji.
Ova džamija nalazi se u Starom gradu „Kastel“, nedaleko od desne obale rijeke Trebišnjice. Građena je od tesanog kamena i pokrivena četverostrešnjim krovom pod pločom. Uz desni zid prigrađena joj je kamena munara oktogonalnog oblika visoka oko 12 metara. Kvadratnog je oblika i bez ikakvih arhitektonskih vrijednosti. Podigao ju je Osman-paša Resulbegović na ime sultana Ahmeda III 1719. godine. Gradili su je dubrovački majstori. U njezinoj gradnji ima elemenata mediteranske arhitekture. Za vrijeme poslednjeg rata džamija je srušena. Kamen temeljac za obnavljanje postavljen je 2011. godine, a svečano je otvorena u avgustu 2014. godine. Tokom obnove pronađen je prag prvobitne džamije koji se danas čuva u staklu unutar nje. Kraj džamije se nalazi mezarje sa tri nišana.
